انشئت الكلية في العام 1991 كواحدة من أقسام كلية العلوم الطبية التقنية. في العام 2000 أصدر مجلس أساتذة جامعة الزعيم الأزهري قراره الخاص بفصل أقسام كلية العلوم الصحية وترفيعها إلى كليات قائمة بذاتها فكانت كلية علوم المختبرات الطبية.