انشئت الكلية كقسم من كلية الطب بقرار من مجلس الجامعة بتاريخ 28/2/2001م وذلك نسبة للحاجة الماسة لتأهيل وتدريب ممرضين قادرين على مواكبة التطور، والتقنيات العالية التي دخلت على الخدمات الصحية، ومواصلة الدراسات العليا والتخصص في هذا  المجال. وبدأ القبول لهذه الكلية في العام الدراسي 2002 – 2003م للقبول العام والخاص لمنح درجة البكالوريوس والدبلوم في علوم وتقنيات التمريض ودرجة البكالوريوس في علوم التخدير.

في إطار إعلان السودان بشأن تطوير وترقية الأطر الصحية والطبية المساعدة الموقع في أول أبريل 2001م بين منظمة الصحة العالمية ووزيري الصحة والتعليم العالي. وبموجب ذلك وقعت الجامعة اتفاقيات مع وزارة الصحة الاتحادية ووزارة الصحة ولاية الخرطوم.

بقرار من وزارة التعليم العالي بناءاً على توصية المجلس التنسيقي الموحد لكليات العلوم الصحية والطبية بالجامعة بتاريخ 13/4/2006م أصبحت كلية قائمة بذاتها بمسمي كلية العلوم الطبية
التقنية بدأً بالفرقة 14 والذي تم قبولها بمجمع الخرطوم بحري.

الرؤية:

• كلية رائده معرفياً متميزه محلياً وإقليمياً وعالمياً لدعم مقومات النهضه الصحيه للمجتمع بمنظور علمى حديث.

الرسالة :

• تعزيز الإرتقاء بالخدمات الصحيه فى المجتمع المحلى والأقليمى مع العمل بروح الفريق والشراكات الذكيه لتخريج كادر مبدع ومتميز ومتمكن فى بيئة جامعيه متفرده.